تم افتتاح قسم الرياضيات في الجامعة الإسلامية في العام الجامعي 1980/1981 بعد افتتاح الجامعة بسنتين لتخريج متخصصين علي أعلي درجة من الكفاءة العلمية . و يتبع قسم الرياضيات كلية العلوم بالجامعة الاسلامية ولقد أصبح قسم الرياضيات من الأقسام الرئيسية والرائدة في الجامعة ، كما يضم قسم الرياضيات كوكبة من الاساتذة الجامعيين الحاصلين على درجات الدكتوراه من جامعات عالمية راقية . و على مدار السنوات السابقة شهد قسم الرياضيات تطورات هائلة ليواكب حاجات المجتمع الفلسطيني والتطور العالمي في مجال علوم الرياضيات حيث افتتح العديد من التخصصات لتلبي هذه الحاجات فاصبح القسم يضم أربع تخصصات على صعيد البكالوريوس وهي الرياضيات و الرياضيات-حاسوب و الرياضيات-إحصاء بالإضافة إلي تخصص تعليم الرياضيات.
ولقد كان لقسم الرياضيات شرف السبق في افتتاح برنامج الماجستير في الرياضيات البحتة عام 1995/1996 و برنامج الدكتوراه في الرياضيات البحتة و الرياضيات التطبيقية عام 2014 ليكون أول برنامج دكتوراه في الرياضيات في قطاع غزة. يهدف القسم إلي تخريج متخصصين علي درجة عالية من الكفاءة في مجالات الرياضيات البحتة و الرياضيات التطبيقية و الاحصاء لخدمة المجتمع الفلسطيني في المجالات المختلفة وللارتقاء في المجالات البحثية المتعلقة بالرياضيات و تطبيقاتها.