النظام الاكاديمي :
يدرس الطالب في برنامج الماجستير ثلاثون (30) ساعة معتمدة بواقع عشر مواد دراسية متقدمة في الفيزياء بالإضافة إلي تقديم أطروحة بحث بمعدل 6 ساعات معتمدة تصف نتائج بحثية علمية في علوم الفيزياء وذلك تحث إشراف أساتذة من قسم الفيزياء بالجامعة الإسلامية أو بإشراف مشترك مع أساتذة من الجامعة أو من الجامعات الفلسطينية المختلفة.