نشأ قسم الكيمياء مع بداية نشأة كلية العلوم في العام الجامعي 1400/1401هـ ، 80/1981م حيث تم انشاؤه كاستجابه للحاجه الماسه و الضروريه لتدريس علم الكيمياء للطلاب الفلسطينين و لا سيما في قطاع غزه حيث يعتبر القسم الاول الذي يتم انشائه في قطاع غزه و ذلك قبل نحو 30 عاما.
رغم كل الظروف القاهرة و العصبيه التي مر بها القسم حرص منذ نشأته علي توفير البيئه العلميه و الاكاديميه المناسبه للطلاب و ذلك من خلال تجهيز المختبرات العلمية بالأجهزة العلمية و المواد الكيميائية و مختبرات الحاسوب و رفد القسم بالكوادر العلمية المميزة و عمل علي فتح أفق التعاون مع كافه مؤسسات المجتمع المدني و لا سيما الجامعات و بذلك تمتع قسم الكيمياء بسمعة طيبة نظرا لكفاءة أعضائه و مصداقية العمل فيه.
ان قسم الكيمياء يعمل جاهدا لتجهيز مختبرات علميه جديده تضم داخلها أحدث الاجهزه العلميه من اجل رفع مستوي الطلبه من ناحيه و من أجل توفير جو اكاديمي للبحث العلمي.
ان قسم الكيمياء يقدم برنامجين في الكيمياء الأول برنامج لمنح درجه البكالوريوس في الكيمياء بفرعيها (الكيمياء البحته و الكيمياء الحيويه) و الأخر برنامج لمنح درجه الماجستير في كافه فروع الكيمياء (العضويه و الغير عضويه و التحليله و الفيزيائيه). حيث يوجد حاليا 13 طالبا في برنامج الماجستير يقومون علي انجاز مشاريعهم البحثيه في مختبرات قسم الكيمياء و بالتعاون مع جامعات محليه و دوليه.