أنشأ قسم الفيزياء مع ولادة الجامعة الإسلامية وبالتحديد سنة 1980 حيث أنه من أقدم أقسام كلية العلوم وقد بدأ القسم بعضوين من حملة الدكتوراه وآخر حاصل على درجة الماجستير ومعيد، والآن وبعد مضي ما يقرب من ثمان وعشرون عاماً يوجد في قسم الفيزياء (11) أكاديميين مؤهلين يحملون درجة الدكتوراه، عدد (2) أستاذ دكتور، وعدد (3) أستاذ مشارك، وعدد (6) أستاذ مساعد، كما يضم القسم عدد (11) أكاديميين يحملون درجة الماجستير، وعدد (5) من المعيدين الذين يحملون درجة البكالوريوس. وقد شهد القسم خلال عقوده الثلاثة تطورات ملحوظة تمثلت في تحديث الخطط الدراسية، وتطوير المعامل، وافتتاح برنامج الدراسات العليا، واستقطاب الكفاءات العلمية للعمل في القسم. أما تحديث الخطط الدراسية فقد اعتمد على تلبية احتياجات سوق العمل، واعتماد المعايير الدولية والمناهج الدراسية المتبعة في الجامعات العالمية، وأما تطوير المختبرات فقد تم تحديث المختبرات القائمة واستحداث عدد من مختبرات التخصص المتقدمة ليصل عدد المختبرات بالقسم إلى 9 مختبرات مجهزة بدرجة عالية. والهدف الأساسي لهذه المختبرات هو ترسيخ المفاهيم النظرية التي يتم تدريسها في المساقات المختلفة من خلال إجراء تجارب عملية داخل تلك المختبرات. وانطلاقاً من حقيقة كون الدراسات العليا من أهم أركان التطوير من حيث تشجيع البحث العلمي فقد قرر مجلس القسم افتتاح برنامج الماجستير في العام الدراسي 1998 - 1999 إدراكاً لما لهذا البرنامج من أهمية لقطاع غزة خاصة ولفلسطين الحبيبة عامة حيث يساعد هذا البرنامج في إعداد الكوادر العلمية القادرة على المشاركة في النهوض بالصناعات المحلية والإقليمية وكذلك ان يضع بنية أساسية لوسط علمي يتجه نحو الدفع بالبحث العلمي إلى الأمام. ويعمل القسم باستمرار على تطوير نفسه من خلال استقطاب الكفاءات العلمية وابتعاث بعض أعضائه إلي الجامعات الدولية، ويتطلع القسم في خططه المستقبلية إلى فتح برنامج الدكتوراه.